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Offre n°287 - Ingénieur en imagerie cérébrale et informatique


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  • Type d'offre : Ingénieur de recherche - CDD 18 mois extensible jusqu'à 3 ans - évoluant vers un poste d'ingénieur de recherche INSERM permanent
  • Ville : Paris intramuros et Saclay
  • Statut : recrutement en cours
Date d'arrivée à l'ITMO : Mercredi 19 Septembre 2018

INGENIEUR EN IMAGERIE CÉRÉBRALE ET INFORMATIQUE

  RESEARCH ENGINEER CONTRACT

Profil de poste
 

Emploi : type Ingénieur(e) de recherche - expert en calcul scientifique / big data
 

BAP : E
 

Missions :
1/ L'ingénieur(e) de recherche analysera de nouvelles  données abordant le développement des troubles mentaux chez les cohortes d'adolescents et d'adultes suivis depuis des années.
Le laboratoire accueille des bases de données multidisciplinaires internationales et régionales obtenues auprès de milliers de participants.
2/ L’ingénieur(e) contribuera à la fonctionnalité de logiciels d’analyse d’imagerie cérébrale par résonance magnétique disponibles dans le réseau informatique local.

 

Activités principales :

  • L'ingénieur(e) utilisera des méthodes de calcul statistique pour analyser les variations du cerveau à l'adolescence et déterminer des facteurs de risque ou de protection utiles pour la prévention, le pronostic ou le suivi du traitement, dans des syndromes tels que la dépression, la toxicomanie ou l'autisme.
  • L’ingénieur encadrera des étudiants et conseillera les chercheurs. Il contribuera à rédiger et à porter des manuscrits jusqu’à la publication dans des revues de premier plan.
  • Il pourra établir des relations de travail avec des laboratoires collaborant à l’analyse des données en Europe et aux USA.
     

Activités associées :

  • Contribuer aux procédures de contrôle de la qualité des mesures (imagerie par résonance magnétique structurale et fonctionnelle, questionnaires et mesures comportementales)
  • Upgrades des logiciels liés aux systèmes d’exploitation (ex : SPM, FSL, Freesurfer...)
  • Tester les systèmes mis en place et veiller à la compatibilité des éléments entre eux.
  • Diagnostiquer et réparer les dysfonctionnements


Connaissances :

  • Compétences solides en programmation et modélisation  statistique, par exemple Matlab, Python, R, JMP...
  • Langue anglaise : B2 à C1
     

Savoir-faire :

  • Expérience dans la recherche données - centrée sur des Big Data avec des méthodes d'analyse multivariées ou analytique IA, ou en théorie des graphes pour l’analyse de réseaux d’interactions
  • Expérience de logiciels d’analyses d’imagerie cérébrale (ex : SPM, FSL, Freesurfer...)


Aptitudes :

  • Aptitude au raisonnement analytique
  • Capacité d'intégration, d'organisation et de communication
  • Travail en équipe
  • Transmettre des connaissances et des compétences en matière de calcul scientifique


Spécificité(s) / Contrainte(s) du poste :
Localisation du laboratoire sur deux sites : Plateau de Saclay et Paris intra–muros


Expérience souhaitée :
L'expérience antérieure d’une démarche prédictive appliquée
en Santé, par exemple en imagerie par résonance magnétique, ou aux neurosciences informatiques est un plus

Diplôme(s) souhaité(s) :
Diplôme en ingénierie ou équivalent, ou Doctorat en biostatistique ou neuroimagerie


Structure d’accueil :
Institut national de la santé et de la recherche médicale

Code unité : U1000 (https://www.inserm-u1000.u-psud.fr)

Intitulé : Neuroimagerie et Psychiatrie
 

Responsable : Jean-Luc Martinot


Composition :
Le laboratoire INSERM U.1000 fournit un environnement scientifique stimulant, rassemblant une équipe de médecins spécialistes et de chercheurs formés aux études de sujets sains et de patients souffrant de troubles mentaux ou neuro-génétiques.
L’Unité 1000 INSERM dispose de moyens de recherche localisés:
1 / au plateau de Saclay, dans un centre hébergeant chercheurs, ingénieurs ou techniciens, où l’Unité 1000 dispose d’ installations informatiques sécurisées pour le stockage et l'analyse de données sensibles provenant de participants mineurs ou adultes (http://www-centre-saclay.cea.fr/fr/Visite-guidee-de-Digiteo), à proximité immédiate de Centrale Supélec et de l’ENS ;
2 / L'unité INSERM 1000 réalise également des recherches chez les adolescents à l’hôpital de la Salpêtrière, à Paris ;
3 / L'unité 1000 acquiert des examens IRM du cerveau et des données multidisciplinaires à l'Institut du cerveau et de la moelle (ICM) de l'hôpital de Salpêtrière, et à l'hôpital pédiatrique Necker, Paris (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris)

Adresse :
INSERM U1000 - DIGITEO Moulon - Bât. 660, Rue Noetzlin, 91190 Gif-sur-Yvette


Délégation Régionale : DR11


Contrat :

  • Type : IR – Ingénieur de Recherche
  • Durée : 18 mois - extensible jusqu'à 3 ans - évoluant vers un poste INSERM d'Ingénieur de Recherche permanent
  • Rémunération : selon expérience + avantages sociaux INSERM
  • Date souhaitée de prise de fonctions : Octobre - novembre 2018
     

Pour postuler :
Merci d’envoyer CV, lettre de motivation & références à : jean-luc.martinot@inserm.fr

 

 

Profile

 

Job type: Research Engineer - expert in Big Data analysis

 

BAP: E

 

Mission:

1/ The research engineer will analyze new brain imaging data (MRI) tackling the development of mental disorders in cohorts of children, adolescents, and adults followed up for years. The laboratory hosts international and regional multidisciplinary databases including thousands of participants.

2/ The engineer will help maintain the analysis softwares on the local network (e.g. SPM, FSL, Freesurfer...)

 

Main activities:

  • The engineer task will use computational statistics methods to analyze the brain development in adolescence, and determine risk and protective factors useful for prevention, prognosis, or treatment monitoring, in syndromes such as depression, drug addiction, or autism.
  • He/she will supervise students and advise the researchers. He/she will contribute to drafting and bringing manuscripts to publication in leading journals.
  • He/she will establish collaborations with laboratories harnessing the data in Europe and US.

Other activities:

2/ updates on softwares related to operating systems.

 

Requirements:

  • Experience with brain imaging softwares (e.g. SPM, FSL, Freesurfer ...).
  • Familiarity with Unix or Linux.
  • Solid background in programming, especially in Matlab, R, Python...
  • English: B2, C1, or C2

Other specificities:

  • Experience in Big Data tackling with multivariate analysis methods (ICA, PCA),
  • AI predictive analytics (e.g. machine learning techniques for classification, deep learning), or network analysis. The Engineer will deal with multiscale biomedical data.

 

Location: University Paris Saclay; Paris

 

Degrees: PhD Degree in computational statistics, engineering, or equivalent.

 

Laboratory:

  • Lab Name: Neuroimaging & Psychiatry
  • Head: Jean–Luc Martinot, MD, Ph.D, DR1 INSERM
  • Lab description: https://www.inserm-u1000.u-psud.fr

The INSERM U.1000 laboratory provides a stimulating scientific work environment as it involves a team of physicians and researchers trained to investigate juvenile or adult healthy subjects and patients with mental disorders.

 

The INSERM Unit 1000 research activities are:

1/ at a research center in the heart of the Paris - Saclay expanding campus (https://www.universite-paris-saclay.fr/en/vie-de-campus/amenagement) hosting researchers, engineers, or technicians, where the U1000 team manages secure IT facilities devoted to the storage and analysis of sensitive “big data” samples from juvenile and adult participants (http://www-centre-saclay.cea.fr/fr/Visite-guidee-de-Digiteo),

2/ The INSERM 1000 unit also carries out research among teenagers at the Salpêtrière hospital in Paris, and in a pediatric radiology department specializing in research in children and adolescents patients in the Necker pediatric hospital, Paris (Assistance Publique -Hôpitaux de Paris).

 

Address: INSERM U1000 - DIGITEO Moulon – Bât. 660, Rue Noetzlin, 91190 Gif-sur-Yvette

 

Administration: DR Paris 11

 

Contract Type: CDD (IR)

 

Duration: 1,5 year - up to 3 years - Research Engineer (INSERM examination)

 

Salary:

  • INSERM - according to CV
  • Social welfare INSERM

Starting Date: November 2018

 

Candidates should send:

  • a CV
  • a statement of research interests
  • and potential references

to:

jean-luc.martinot@inserm.fr

 

 

 


 

 

Contact

Jean-Luc Martinot : jean-luc.martinot@inserm.fr



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